O local onde hoje ocupa o município, já fora ocupado por índios Cariris, expulsos pelos portugueses após a Guerra dos Bárbaros. Seus primeiros colonizadores foram Francisco Barbosa, José Barbosa Diniz, Antônio Martins do Vale, alferes Pascoal Rodrigues do Vale e suas respectivas famílias, após concedidas sesmarias às margens do rio Sabugi, no ano de 1786. O município se consolida a partir de 1832, quando foi construída a capela de São João Batista em terras doadas por Ana Joaquina, situadas na Fazenda São João. Em 1855, é construída sua primeira escola; até que em 1868, o povoado foi elevado à categoria de distrito, com o nome de São João do Príncipe. Em 1890, o nome fora alterado para São João do Sabugi, em referência ao rio. Quando em 1948, o Decreto-Lei n º 146, de 23 de dezembro, criou, como território desmembrado de Serra Negra do Norte, o município de São João do Sabugi, em sua configuração atual.